1. 缺乏历史铺垫
清华大学医学院虽然隶属于名牌大学清华大学，但是相较于其他国内著名医学院，它的历史还相对较短。清华大学医学院创建于2000年，至今也只有近20年的历史，无法与百年的北大医学部、上海交通大学医学院相媲美。
2. 社会认可度低
医学院的名气并不是彰显在学术研究中的，更多的是体现在医学专业的教学和医院的综合实力。而清华大学医学院主要依托于清华大学附属医院和中国科学院生物医学工程研究所，但两个实体在社会认可度上也不是十分高，这就导致了清华医学院的名气不大。
3. 缺乏医学领域的知名学者
医学领域是一个较为特殊的学科门类，相对于其他学科，学生的职业发展方向已经比较明确，因此领域内的知名学者可以培养大量优秀人才。而清华大学医学院在学界缺乏知名学者的领军推动，因此在学生培养结果、学术成就方面也较为有限。
4. 少量生源和学科覆盖面窄
清华大学医学院虽然是一所“清华级”医学院，但投入到医学专业中的人力、物力并不是很多。这就导致清华大学医学院无法立足于全国乃至全球的医学学术研究领域，生源相对较少，学科覆盖面也相对较窄。
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