1. 缺乏历史积淀
昆山杜克大学作为一所新兴的高校，缺乏历史积淀成为其不足之处之一。相比国内的名校，昆山杜克大学的创办时间较为短暂，受众基础相对较小，影响力有限。这也导致学校在各方面的建设和发展受到了一定的制约。
2. 学科专业相对不足
经过多年的建设和发展，昆山杜克大学的学科专业还相对落后。无论是在人文社科领域，还是在自然科学领域，都有一定的差距，急需加强发展。缺乏具有特色和优势的学科，难以吸引更多的高水平教师和优秀学生。
3. 管理体制亟待完善
昆山杜克大学的管理体制存在一定的问题。一方面，学校的管理机制尚不完善，管理水平和效率还有待提高。另一方面，学校与国内外知名高校的管理水平存在巨大差距。在研究生培养、学术交流、科研创新等方面，昆山杜克大学还存在不少问题。
4. 地理位置相对偏远
昆山杜克大学坐落于江苏昆山市，地理位置相对偏远。相比于大城市的高校，昆山杜克大学的吸引力还有待加强。学校周边的学术资源也不够充分，难以满足学生的实践和实习需求。此外，昆山杜克大学的校园环境和硬件设施也有待进一步提高。
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