1. 非全日制研究生的缺乏统一的学习环境
与全日制研究生相比，非全日制研究生需要在工作之余完成学业，因此无法像全日制研究生一样享有学校提供的统一学习环境。缺少学校的统一教学设施、图书馆资源等也会对非全日制研究生的学习造成很大的限制，特别是在科研方面，非全日制研究生缺乏固定的科研基地，无法享受到学术资源的共享。
2. 学术能力与实践能力有所欠缺
由于非全日制研究生必须应对日常工作与学习，对于课程的考虑可能就要降低，虽然能顾及两者的面面俱到，但会对实际研究提升能力带来困难。其次，实践能力方面也存在欠缺。由于学习与实际工作较难结合，所以非全日制研究生缺少与实践结合的机会，这会对将来的职业发展带来一定的负担。
3. 无法享受全日制研究生的全套教育资源
虽然非全日制研究生可以获得与全日制研究生同等的学位，但是缺少全日制研究生的教育资源，例如学术交流机会、科研经费等，会影响其毕业后的发展，尤其是对于想要从事学术科研方面的研究生而言，不便之处甚多。
4. 心理压力过大
非全日制研究生需要同时面对工作与学习的压力，时间分配紧凑，极易出现心理压力大的问题。由于需要同时承担工作，家庭和学习三种压力，研究生无法像全日制研究生一样从容应对学业压力，不慎则会积累心理负担，从而无法发挥出自己的全部潜力。
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