1. 相对较高的留学成本
留学本身就是一项相对昂贵的投资，而日本的留学生活成本更是较为高昂。尤其在东京等大城市，留学生的生活费用更是让人望而却步。加上不同的学校和专业对学费的收费标准也不尽相同，随着日元升值，留学成本也在逐年攀升。
2. 艰辛的求职竞争
日本的求职市场相对保守和封闭，求职难度很高，尤其是针对留学生的求职。公司普遍要求留学生熟悉日本社会文化和日语水平非常高，否则一旦入职很难适应日本的工作环境。而且，日本公司对留学生的工作签证申请还存在很高的门槛。
3. 对学术研究方向的限制
日本留学硕士的又一弊端是，不同的大学和研究领域对学生的专业设置存在限制，因此学生选择的专业方向可能会受到许多限制。如果选择的专业领域不受制约，可能会导致研究方向与学生的兴趣不符，或者需要花费更多时间去适应研究和课程的要求。
4. 国际竞争的压力
随着全球化的发展，各国的教育水平也在不断提升，因此相对于其他留学目的国如美国，英国等，日本的留学生群体并不是那么巨大和多样。因此，为了与其他留学生竞争，留学生都需要更懂得如何提高自身的学业水平，乃至在与本地学生的竞争中胜出。
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